虽然孤独症的病因还不完全清楚，但研究表明，某些危险因素可能同孤独症的发病相关。引起孤独症的危险因素可以归纳为：遗传、感染与免疫和孕期理化因子刺激。

遗传因素

双生子研究显示，孤独症在单卵双生子中的共患病率高达61%～90%，而异卵双生子则未见明显的共患病情况。在兄弟姊妹之间的再患病率，估计在4.5%左右。这些现象提示孤独症存在遗传倾向性 [13]。

研究显示，某些染色体异常可能会导致孤独症的发生。已知的相关染色体有7q、22q13、2q37、18q、Xp；某些性染色体异常也会出现孤独症的表现。如47、XYY以及45、X/46、XY嵌合体等。较常见的表现出孤独症症状的染色体病有4种：脆性X染色体综合征、结节性硬化症、15q双倍体和苯丙酮尿症。

每年均有新的关于孤独症候选基因的报道。近年来新报道的孤独症候选基因有clock，PRKCBl、CNTN4，CNTCAP2、immune gene、STK39、MAOA、CSMD3、DRD1、neurexinl、SLC25A12、JARDlC、Pax6、SHANK3 [22]、CHD8 [23]。另有研究报道，在汉族孤独症患者中，NRP2基因存在遗传多态性。

繁多的候选基因提示了孤独症是一种多基因遗传病，即孤独症可能是在一定的遗传倾向性下，由环境致病因子诱发的疾病。

2017年5月，荷兰阿姆斯特丹神经遗传学与认知研究中心研究员波斯杜马(Danielle Posthuma)等30名科学家组成的国际团队研究发现52个基因与人类智力有关，其中40个是首度发现。这些发现也揭开智力与自闭症之间意想不到的联系，将来可望有助于阐明自闭症的起因。波斯杜马指出，其中最强烈且最出乎意料的关联之一是自闭症。她补充说，与高智商有关的基因变异，也和较高风险的自闭症类群障碍有关。特别是SHANK3这个基因，非常能够解释这种现象。